Recherche en biomédecine

• Cours (CI) – conférences – 34h
• Travaux dirigés (TD)
• Travail personnel – présentation d’un article (TP) : 15h

Description du contenu de l’enseignement

Il s’agit de passer en revue un ensemble de techniques de base utilisées en biologie moléculaire et cellulaire dans les laboratoires de recherches en pathologie humaine. Les techniques, leurs principes, leur logique interne et leurs domaines d’application sont présentés à l’aide d’exemples précis. Les limites et les alternatives aux techniques sont également discutées. Les conférences sont complétées par deux présentations longues sur une expérience de recherche où les techniques utilisées sont présentées en regard de l’historique et des questions scientifiques posées. Enfin, un article différent est distribué individuellement aux étudiants qui doivent présenter à l’oral les questions scientifiques posées dans les manuscrits, ainsi que les techniques utilisées pour y répondre. Cet enseignement a également pour objectif de faciliter la compréhension des travaux proposés et leur intégration dans les stages futurs qu’ils ont à réaliser. Les étudiants du secteur santé peuvent s’inscrire à cet enseignement.

Compétences à acquérir

Avoir une bonne connaissance des enzymes de la biologie moléculaire et de leur utilisation, des techniques de purification et de marquage des protéines, des cultures cellulaires et leurs significations, l’expression des gènes via des vecteurs, les méthode d’amplification de gènes et le séquençage à haut débit, les approches NGS, les applications de la cytométrie en flux et de la spectrométrie de masse, l’étude de la mort cellulaire, les méthodes d’extinction des gènes et la transgénèse, leur contrôle transcriptionnel et l’épigénétique…

Savoir exploiter un article et en présenter les techniques à l’oral.

Bibliographie, lectures recommandées

Nombreux sites consultables indiqués en cours

Principes de biologie moléculaire en biologie clinique. Ameziane, Bogard, Laboril. Elsevier ISBN 2-84299-685-2, ou édition en cours

Biologie cellulaire et moléculaire édition en cours, Génétique médicale édition en cours

Modalités d’organisation et de suivi

Méthodes pédagogiques : Présentations magistrales et interactives sur les questions d’application et de limites des techniques. Les documents de cours sont donnés aux étudiants, et dans la plupart des cas un enregistrement audio leur est aussi accessible. La réflexion critique est suscitée quant à la signification stricte de certaines approches technologiques. Chaque étudiant ensuite

s’approprie un article pour en faire une présentation qui peut intégrer une critique sur les alternatives possibles à certaines des approches scientifiques utilisées.

Travail personnel recommandé : Il est très fortement recommandé de lire régulièrement les articles complémentaires au cours

Evaluation 1 Contrôle écrit terminal = coefficient 1,33

1 Présentation orale = coefficient 0,67

Responsable

UNIVERSITE DE STRASBOURG, FACULTE DE MEDECINE

Institut de Bactériologie,

Unité : EA-7290 Virulence bactérienne précoce (Dir: G. Prévost); https://uniteea7290vbpstrasbourg.wordpress.com/ 3 rue Koeberlé, F-67000 Strasbourg

Gilles Prévost (MCU-PH, Chargé de mission Master – Faculté de Médecine)

Tel : 03 6885 3757 Email: prevost@unistra.fr

Travaux dirigés en salle informatique : 28h

Description du contenu de l’enseignement

L’enseignement vise à ce que l’étudiant sache s’approprier l’outil informatique pour :

• La recherche d’informations bibliographiques
• L’analyse de séquences d’acides nucléiques
• L’analyse de séquences protéiques
• La recherche de motifs particuliers et caractéristiques biochimiques
• L’analyse de structures tridimensionnelles de protéines
• L’analyse de données numériques issues d’expériences de laboratoire

En s’appuyant sur des exemples concrets et publiés, ainsi que sur d’autres savoirs techniques acquis parallèlement sur les technologies développées au laboratoire de recherche, l’étudiant s’appropria un certain nombre de raisonnements et de représentations abstraites lui permettant la conception d’expériences appliqués usuellement sur d’autres sujets de recherche et le tri et l’analyse critique des données disponibles sur les sites spécialisés de biologie. De ce fait, la présence de l’étudiant est recommandée.

Compétences à acquérir

Maîtrise du site PubMed et des différentes fonctionnalités associées
Maîtrise des recherches associées aux sites expasy.org, lebibi.org, reversetranslate, Nebcutter, weblabviewer…
Maîtrise de l’analyse cartographique d’une séquence nucléotidique
Analyse de gènes, recherche de parents génétiques ou protéiques, recherche de séquences caractéristiques, alignements multiples et phylogénie de séquences, conception d’oligonucléotides pour le clonage, étude d’organisation spatiale de protéines, conception de protéines mutées,
Maîtrise avancée du tableur Excell ; organisation de données, étude statistique simple.

Bibliographie, lectures recommandées

Il n’y a pas de bibliographie réellement associée. Les étudiants peuvent reproduire de manière individuelle les exercices traités en TD, et des exercices dits d’évaluation personnelle leurs sont proposés.

Modalités d’organisation et de suivi

Tout document utilisé en support est adressé via les adresses mail
Les cours reposent sur la participation des étudiants et à 40% de l’enseignement, ils sont appelés à prendre le poste informatique de l’enseignement et à commenter autant que possible les raisonnements utilisés pour les différentes analyses
Les documents de cours sont admis lors des contrôles continus et de l’examen final
Deux contrôles continus sont organisés au cours de l’enseignement et interviennent pour 50% de la note globale. Les notes sont connues dans un délai d’une semaine
Les corrigés des contrôles continus sont distribués et analysés le cas échant.
2 CC d’1h + un examen terminal de 2h. L’examen terminal intervient mi-novembre, une dizaine de jours après la dernière séance de TD.

Responsable

Université de Strasbourg, Faculté de Médecine

Institut de Bactériologie,
Unité : EA-7290 Virulence bactérienne précoce (Dir: G. Prévost);
ACCUEIL-
3 rue Koeberlé, F-67000 Strasbourg

Gilles Prévost (Chargé de mission Master – Faculté de Médecine)
Tel : 03 6885 3757  Email: prevost@unistra.fr

• Cours (CM) 28h
• Travaux dirigés (TD) : 8h (classes inversées)
•  Travaux pratiques (TP) : non

Description du contenu de l’enseignement

Ce cours donnera aux étudiants des connaissances approfondies permettant de mieux comprendre le fonctionnement du génome humain. Le cours s’articulera autour de deux axes intimement liés et complémentaires à savoir d’une part le génome à proprement dit et d’autre part l’expression des gènes et l’épigénétique. Le premier axe abordera l’organisation, la variabilité et l’évolution du génome humain (et autres génomes), le second axe sera focalisé sur la régulation de la transcription des gènes ainsi que l’organisation de la chromatine et l’architecture nucléaire.

Le but est de donner aux étudiants une compréhension globale de l’utilisation des informations contenues dans le génome humain. La présentation des connaissances se fera le plus souvent possible en expliquant les méthodes expérimentales utilisées.

Chaque bloc de cours magistral (environ 4 h) sera suivi d’une séance de présentation d’articles par les étudiants visant à vérifier l’acquisition des connaissances et à approfondir certains éléments en s’appuyant sur l’interprétation de résultats expérimentaux concernant les questions les plus actuelles du domaine. Ce cours vise donc à préparer les étudiants à une démarche de recherche expérimentale en intégrant, dans un ensemble de connaissances, de nouveaux concepts issus de résultats récents.

Compétences à acquérir

A l’issue de ce cours l’étudiant est capable de :

•  connaitre l’organisation du génome humain, les différentes classes de gènes (codants et non-codants), les séquences uniques et les séquences répétées
• comprendre les méthodes d’analyse du génome humain et les outils permettant d’interroger le génome humain (web browser…)
• comprendre les méthodes d’analyse de l’évolution des génomes (génomique comparative, analyse d’organisme modèles…).
• comprendre la place d’Homo Sapiens dans l’arbre phylogénétique.
• connaitre la variabilité du génome humain et les principes guidant cette variabilité.
• comprendre les conséquences de différents types de variations de séquence.
• connaitre les mécanismes de base de la transcription chez les procaryotes et chez les eucaryotes.
• connaitre les mécanismes de régulation de l’expression des gènes chez les procaryotes et chez les eucaryotes
• connaitre la structure de la chromatine et les différents états de compaction du génome.
• comprendre les mécanismes épigénétiques et le principe de transmission épigénétique.
• comprendre le rôle de l’architecture nucléaire et de l’organisation tridimensionnelle du génome dans la régulation de l’expression des gènes

Bibliographie, lectures recommandées

• Human Molecular Genetics, Strachan and Reed, 4ième ed., Garland Science.
• Molecular Biology of the Cell, Alberts et al., 6ième ed., Garland Science.
• Molecular Cell Biology. Lodish et al., 8th edition, W.H. Freeman. Macmillan Learning.
• Molecular Biology. Principles and Practice. Cox, Doudna, O’Donnell, 2nd edition. W.H. Freeman. Macmillan Learning.

Modalités d’organisation et de suivi

Méthodes pédagogiques :

Présentation magistrale des connaissances, illustrée par de nombreux exemples issus de la recherche fondamentale. Le cours magistral est accompagné de :

• Séances de pédagogie inverse réalisées en groupes d’étudiants sous forme de présentation d’articles liés à un thème donné.
• Utilisation de la plateforme Moodle pour la mise en ligne des supports de cours et d’articles de synthèse pour l’approfondissement de certaines connaissances, des articles présentés lors de séances de pédagogie inverse.
• Les annales seront mises en lignes

Travail personnel recommandé :

Pour chaque séance de présentation d’article, tous les étudiants doivent acquérir les connaissances du bloc d’enseignement correspondant et lire les articles.

Plan :

Chapitre 1 : Organisation des génomes – Le génome humain

Chapitre 2 : Méthodes d’analyse des génomes –Evolution des génomes

Chapitre 3 : Les principaux outils disponibles

Chapitre 4 : Variabilité du génome humain – Les grands programmes d’analyse

Chapitre 5 : Mécanismes de base de la transcription

Chapitre 6 : Régulation transcriptionnelle chez les procaryotes et les eucaryotes

Chapitre 7 : Structure de la chromatine et mécanismes épigénétiques

Chapitre 8 : Organisation tridimensionnelle du génome

Responsables

Didier DEVYS

IGBMC

1, rue Laurent Fries

67404 Illkirch Cedex

03.88.65.34.42

devys@igbmc.fr

Jean MULLER

Laboratoire de Génétique Médicale (UMR_S U1112)

11 rue Humann

67000 Strasbourg

03.68.85.33.38

• Cours Magistraux : 60h

Description du contenu de l’enseignement

Nous proposons un enseignement des bases fondamentales de la réponse immunitaire en abordant les mécanismes cellulaires et moléculaires de l’immunité innée et acquise et le mode d’action du système immunitaire dans différents contextes physiopathologiques : infectieux, tumoraux, greffes, allergies, auto-immunités.

Les intervenants sont des universitaires, chercheurs, médecins, pharmaciens offrant une vision fondamentale, translationnelle, clinique et appliquée de l’immunologie.

L’esprit de l’enseignement repose fortement sur l’acquisition d’une connaissance/démarche translationnelle allant « de la paillasse à la clinique » et vice-versa.

Compétences à acquérir

A l’issue de cet enseignement l’étudiant aura des connaissances approfondies en immunologie et sera capable de :

• Décrire les mécanismes fondamentaux associés à une réponse immune adéquate ou impliquée dans des maladies immunologiques
• Utiliser ses connaissances pour proposer des stratégies de recherche pour comprendre, voire moduler le système immunitaire
• Etre capable de faire une synthèse et/ou de critiquer les données récentes de la recherche en immunologie

Bibliographie, lectures recommandées

• Janeway’s Immunobiology (Garland). 9th Edition.
• Roitt’s Essential IMMUNOLOGY (Wiley-Balckwell), 12th Edition.

Modalités d’organisation et de suivi

•  L’interaction avec les étudiants est encouragée durant les cours par des questions/discussions
•  Mise en ligne des supports de cours via la plateforme de la faculté de médecine.
•  Evaluation : examen écrit 3h comportant 2 questions rédactionnelles (ou équivalent) d’1h30 chacune

Responsables

UNIVERSITE DE STRASBOURG, FACULTE DE MEDECINE

ImmunoRhumato Moléculaire, INSERM UMR_S 1109

Centre de Recherche d’Immunologie et d’Hématologie

4, rue de Kirchleger

67085 Strasbourg Cedex

Tel: 03 68 85 39 31

4 Rue Kischleger

67085 STRASBOURG

TEL: 036885412

SEIAMAK BAHRAM

siamak@unistra.fr

MIRJANA RADOSAVLJEVIC

mirjana@unistra.fr

• 2 semaines

Description du contenu de l’enseignement

• Rechercher et se présenter, puis se faire recruter pour un stage en laboratoire de recherche
• Côtoyer le monde de la recherche
• Comprendre une thématique et les approches de recherche mises en place
• S’insérer et développer l’esprit d’équipe
• Présenter à l’oral le thème du stage de manière synthétique

Compétences à acquérir

• Etre capable de s’intégrer à une équipe de recherche
•  Etre capable de reconnaître les équipements d’un laboratoire et leur usage
• Savoir interagir avec les membres d’une équipe scientifique et accéder aux éléments bibliographiques nécessaires pour la compréhension du thème développé
• Savoir réaliser et intégrer une à quelques expériences
•  Savoir produire l’équivalent d’un poster en 2 diapositives et le présenter à l’oral.

Bibliographie, lectures recommandées

•  La bibliographie et les éventuelles conférences proposées par le laboratoire d’accueil

Modalités d’organisation et de suivi

Ces stages sont à réaliser durant 2 semaines entre début janvier et mi-février pour les étudiants issus de licence. Pour les étudiants du secteur santé, les stages peuvent se dérouler sur 1 ou 2 semaines et être effectués avant la fin août de chaque année universitaire. Usuellement, le même laboratoire de recherche héberge les deux stages de M1 pour un étudiant donné.

Présentation orale en français de 10 min de l’équivalent d’un poster scindé en deux diapositives.

Répondre aux questions du jury (5 min)

Coefficient : 1

Responsables

UNIVERSITE DE STRASBOURG, FACULTE DE MEDECINE

Gilles Prévost (Chargé de mission Master – Faculté de Médecine)

Institut de Bactériologie,

Unité : EA-7290 Virulence bactérienne précoce (Dir: G. Prévost); https://uniteea7290vbpstrasbourg.wordpress.com/ 3 rue Koeberlé, F-67000 Strasbourg

Tel : 03 6885 3757 Email: prevost@unistra.fr

Jocelyn CERALINE

Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire – IGBMC 1, rue Laurent Fries

67404 Illkirch Cedex 03 88 65 56 82

ceraline@unistra.fr

•  Cours (CM) 24h
•  Travaux dirigés (TD) –
•  Travaux pratiques (TP) 12h

Description du contenu de l’enseignement

Ce cours offre une introduction des principaux concepts et mécanismes des neuropathologies. Nous nous intéresserons surtout au fonctionnement physiopathologique des groupes pathologiques abordées, à la question de l’évolution des connaissances et de la prise en charge des patients. Ces problématiques permettront également à l’étudiant de se familiariser avec la méthode et la façon de penser des cliniciens et des scientifiques. Et surtout de comprendre le besoin de dialogue, d’interaction et de collaboration indispensable entre ces corps de métiers. Chaque cours magistral s’accompagnera de deux visions du groupe de maladies abordées : une vision clinique et une biologique, lors desquelles nous ferons appel aux données cliniques, épidémiologiques, génétiques, cellulaires et moléculaires de la littérature. Les outils d’étude des pathologies seront également décrits ainsi que les avancées et nouvelles cibles thérapeutiques en cours d’évaluation. Ce cours constitue ainsi un tremplin dans le cursus des étudiants, qui approfondiront tout au long de leur cursus les principaux concepts développés ici.

Compétences à acquérir

A l’issue de ce cours l’étudiant est capable de :

•  maîtriser les concepts-clés et le vocabulaire de base de la neurologie et de la psychiatrie,
•  caractériser et interpréter les situations physiopathologiques à l’origines des pathologies abordées
•  analyser les changements à l’oeuvre dans la connaissance scientifiques et leur aboutissement sous forme thérapeutique permettant une meilleure prise en charge du patient
•  connaître les principales limites des outils et connaissances scientifiques
•  se familiariser avec les pathologies neurologiques et psychiatriques,

Bibliographie, lectures recommandées

La correspondance entre les thèmes du cours et les publications scientifiques est détaillée durant le cour.

Modalités d’organisation et de suivi

Méthodes pédagogiques : Présentation magistrale des concepts, illustrés par de nombreux exemples. Les supports de cours seront mis en ligne sur la plateforme pédagogique Moodle ou donné aux étudiants.

Travail personnel recommandé : Il est très fortement recommandé de lire régulièrement les articles complémentaires au cours

Plan : Thème 1 : Les Addictions

Thème 2 : La maladie d’Alzheimer et démence à corps de Lewy

Thème 3 : Schizophrénie et Mémoire Autobiographique

Thème 4 : L’Epilepsie

Thème 5 : Le Parkinson

Thème 6 : L’Anticipation, Schizophrénie et Cervelet

Thème 7 : La Sclérose En Plaques

Thème 8 : La Sclérose Latérales Amyotrophique

Thème 9 : Les troubles du Sommeil

Thème 10 : La Migraines

Thème 11 : La Dépression

Thème 12 : L’Anxiété

Responsable

Faculté des Sciences

Faculté de médecine, 11, rue Humann F-67085 STRASBOURG (FRANCE)

VERONIQUE KEMMEL

Faculté de médecine, Bâtiment 3, 6e étage, 11, rue Humann F-67085 STRASBOURG (FRANCE) Mail : kemmel@unistra.fr

UE partagée entre les Masters de Neurosciences et de Biologie – Santé (Faculté de Médecine de Strasbourg)

•  Cours (CM)
•  37h30 CM soit 56h éq. TD

Description du contenu de l’enseignement

Cet enseignement est une introduction détaillée à la recherche clinique. Les étudiants apprendront les notions de droit et de législation ainsi que l’ensemble des fondements éthiques et méthodologiques. Cette UE est validante pour le Master mais, combinée à l’UE « L’ARC-TEC et la recherche clinique », elle permet de valider le Diplôme InterUniversitaire de Formation des Assistant et des Techniciens de Recherche Clinique (DIU-FARC-TEC). L’UE « Initiation aux essais cliniques » de S1 est obligatoire pour les étudiants désireux de valider en S3 l’UE « Investigation clinique spécialisée », cette dernière se positionnant en complément optionnel des deux UEs de M1.

Compétences à acquérir

A l’issue de ce cours l’étudiant est capable de :

• Comprendre la législation de la recherche clinique
• Connaitre l’histoire et les aspects éthiques de la recherche clinique
• Classer les essais portant sur la personne humaine
• Connaître les bases méthodologiques nécessaires à la conception d’un essai clinique
•  Savoir analyser un article portant sur un essai clinique
• Connaitre la structuration et l’organisation de la recherche clinique
•  Connaitre les bases de la surveillance des médicaments et des essais cliniques

Modalités d’organisation et de suivi

Méthodes pédagogiques :

Présentation magistrale des concepts. Les supports de cours et les publications afférentes seront mis en ligne sur la plateforme pédagogique Moodle.

Modalités d’examen

Session principale : analyse d’un essai clinique à partir d’une publication en anglais et de questions

Session de rattrapage : oral de 10 minutes succédant à 10 minutes de préparation d’une question de cours

Travail personnel recommandé :

Il est très fortement recommandé de lire régulièrement des articles complémentaires. Une présence assidue aux UEs d’anglais est nécessaire.

Responsable

Faculté de Médecine

11 rue Humann

67085 Strasbourg

Laurent MONASSIER

laurent.monassier@unistra.fr

Secrétariat

Mme Sylvia MUTTERER

sylvia.mutterer@unistra.fr

Faculté de Médecine de Nancy

General manager, PhD

EDDH – European Drug Development Hub, Fondation Force

Centre de Médecine Préventive

7ème étage

2, Rue du Doyen Jacques Parisot BP7

54500 VANDOEUVRE LES NANCY

Stéphanie GROJEAN

sgrojean@eddh.fr

• Cours (CM)
• Travaux dirigés (TD)
• Travaux pratiques (TP) –
•  2X37H Equivalents TD

Description du contenu de l’enseignement

Ce cours offre une opportunité unique pour les étudiants d’interagir avec des experts scientifiques internationaux de domaines très divers s’intéressant aux processus biologiques, biochimiques, biophysiques, génétiques, épigénétiques, mathématiques… impliqués dans la mise en place de la forme et de la structure d’un organe, d’une région, voire d’un organisme et qui lorsqu’ils dysfonctionnent peuvent être à l’origine d’anomalies dysmorphologiques rencontrées en particulier chez l’homme dans les maladies rares. Ces interactions se feront au décours d’un enseignement magistral, par l’analyse de publications scientifiques choisies et de discussions autour de ces travaux selon une formule journal club dans un contexte de bilinguisme anglais/français.

Compétences à acquérir

A l’issue de ce cours l’étudiant est capable de :

• Comprendre les phénomènes et enjeux de la morphogenèse en général et en particulier du massif crânio-facial et des dents
•  Avoir acquis les connaissances de base en biologie, biochimie, biophysique, génétique, épigénétique, mathématiques…permettant de comprendre les processus décrits dans différents modèles
•  Connaître les méthodes d’investigation et d’étude des phénomènes impliqués
•  Suivre un enseignement en anglais
•  Savoir analyser un article scientifique relatif aux thèmes d’étude (journal club)
•  Les éléments du module peuvent être enseignés en français ou en anglais
•  Pouvoir rédiger un document format « publication » sur un aspect choisi du programme

Bibliographie, lectures recommandées

? A titre d’exemple et en fonction des intervenants

M MINOUX

Gene bivalency at Polycomb domains regulates cranial neural crest positional identity.

Minoux M, Holwerda S, Vitobello A, Kitazawa T, Kohler H, Stadler MB, Rijli FM.

Science. 2017 Mar 31;355(6332). pii: eaal2913. doi: 10.1126/science.aal2913.

Molecular mechanisms of cranial neural crest cell migration and patterning in craniofacial development.

Minoux M, Rijli FM. Development. 2010 Aug;137(16):2605-21.

Fine tuning of craniofacial morphology by distant-acting enhancers.

Attanasio C, Nord AS, Zhu Y, Blow MJ, Li Z, Liberton DK, Morrison H, Plajzer-Frick I, Holt A, Hosseini R, Phouanenavong S, Akiyama JA, Shoukry M, Afzal V, Rubin EM, FitzPatrick DR, Ren B, Hallgrímsson B, Pennacchio LA, Visel A. Science. 2013 Oct 25;342(6157):1241006.

J VERMOT

Hemodynamics driven cardiac valve morphogenesis.

Steed E, Boselli F, Vermot J. Biochim Biophys Acta. 2016 Jul;1863(7 Pt B):1760-6. doi: 10.1016

klf2a couples mechanotransduction and zebrafish valve morphogenesis through fibronectin synthesis.

Steed E, Faggianelli N, Roth S, Ramspacher C, Concordet JP, Vermot J. Nat Commun. 2016 May 25;7:11646.

Oscillatory Flow Modulates Mechanosensitive klf2a Expression through trpv4 and trpp2 during Heart Valve Development.

Heckel E, Boselli F, Roth S, Krudewig A, Belting HG, Charvin G, Vermot J. Curr Biol. 2015 May 18;25(10):1354-61.

A. BLOCH-ZUPAN

A targeted next-generation sequencing assay for the molecular diagnosis of genetic disorders with orodental involvement.

Prasad MK, Geoffroy V, Vicaire S, Jost B, Dumas M, Le Gras S, Switala M, Gasse B, Laugel-Haushalter V, Paschaki M, Leheup B, Droz D, Dalstein A, Loing A, Grollemund B, Muller-Bolla M, Lopez-Cazaux S, Minoux M, Jung S, Obry F, Vogt V, Davideau JL, Davit-Beal T, Kaiser AS, Moog U, Richard B, Morrier JJ, Duprez JP, Odent S, Bailleul-Forestier I, Rousset MM, Merametdijan L, Toutain A, Joseph C, Giuliano F, Dahlet JC, Courval A, El Alloussi M, Laouina S, Soskin S, Guffon N, Dieux A, Doray B, Feierabend S, Ginglinger E, Fournier B, de la Dure Molla M, Alembik Y, Tardieu C, Clauss F, Berdal A, Stoetzel C, Manière MC, Dollfus H, Bloch-Zupan A. J Med Genet. 2016 Feb;53(2):98-110.

S FACCA

Mapping cis-regulatory domains in the human genome using multi-species conservation of synteny.

Ahituv N, Prabhakar S, Poulin F, Rubin EM, Couronne O. Hum Mol Genet. 2005 Oct 15;14(20):3057-63.

In vivo enhancer analysis of human conserved non-coding sequences.

Pennacchio LA, Ahituv N, Moses AM, Prabhakar S, Nobrega MA, Shoukry M, Minovitsky S, Dubchak I, Holt A, Lewis KD, Plajzer-Frick I, Akiyama J, De Val S, Afzal V, Black BL, Couronne O, Eisen MB, Visel A, Rubin EM. Nature. 2006 Nov 23;444(7118):499-502.

T MITSIADIS

Nanodentistry: combining nanostructured materials and stem cells for dental tissue regeneration.

Nanomedicine (Lond). 2012 Nov;7(11):1743-53. doi: 10.2217/nnm.12.146.

Mitsiadis TA1, Woloszyk A, Jiménez-Rojo L. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23210714

Genetic basis for tooth malformations: from mice to men and back again.

Clin Genet. 2011 Oct;80(4):319-29. doi: 10.1111/j.1399-0004.2011.01762.x. Epub 2011 Aug 23.

Mitsiadis TA1, Luder HU. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21819395

BMPs and FGFs target Notch signalling via jagged 2 to regulate tooth morphogenesis and cytodifferentiation.

Mitsiadis TA1, Graf D, Luder H, Gridley T, Bluteau G. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20685737

Development. 2010 Sep;137(18):3025-35. doi: 10.1242/dev.049528. Epub 2010 Aug 4.

Microfluidics co-culture systems for studying tooth innervation.

Pagella P1, Neto E2, Jiménez-Rojo L1, Lamghari M3, Mitsiadis TA1.

Front Physiol. 2014 Aug 25;5:326. doi: 10.3389/fphys.2014.00326. eCollection 2014.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25202282

D RIVELINE

Forces in tissue morphogenesis and patterning.

Heisenberg CP, Bellaïche Y.

Cell. 2013 May 23;153(5):948-62.

Mechanics of epithelial tissue homeostasis and morphogenesis.

Guillot C, Lecuit T.

Science. 2013 Jun 7;340(6137):1185-9.

Interplay of cell dynamics and epithelial tension during morphogenesis of the Drosophila pupal wing.

Etournay R, Popovid M, Merkel M, Nandi A, Blasse C, Aigouy B, Brandl H, Myers G, Salbreux G, Jülicher F, Eaton S. Elife. 2015 Jun 23;4:e07090. doi: 10.7554/eLife.07090.

K NIEDERREITHER J CLUB

– WNT-SHH Antagonism Specifies and Expands Stem Cells prior to Niche Formation. Fuchs E. Cell. 2016

– High-throughput discovery of novel developmental phenotypes. Nature 2016

– Glucose Uptake and Runx2 Synergize to Orchestrate Osteoblast Differentiation and Bone Formation, Karsenty G. Cell. 2015

– Zebrafish models of idiopathic scoliosis link cerebrospinal fluid flow defects to spine curvature. Science. 2016

– A mechanism for the segregation of age in mammalian neural stem cells. Science. 2015

Les références varient en fonction des thèmes choisis et de l’actualité scientifique.

Modalités d’organisation et de suivi

Méthodes pédagogiques : Présentation magistrale des concepts et modèles, illustrés par de nombreux exemples. Les supports de cours et les publications afférentes seront mis en ligne sur la plateforme pédagogique Moodle.

Le cours magistral est accompagné de :

•  Travaux dirigés réalisés en groupes d’étudiants sous forme de journal club interactif autour de la discussion de publications en rapport avec les thèmes étudiés, participation active en anglais si possible de l’étudiant, présentation orale des points clés, méthodes etc…
•  Supports vidéo sur certains points du cours
•  Séance de préparation de l’étudiant à l’analyse des contenus des publications et rappel de notions autour des méthodologies…
•  L’étudiant devra également fournir un travail personnel écrit sous la forme de la rédaction d’un rapport scientifique sur un article scientifique original trouvé sur Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) en 3 pages. La publication choisie doit être en lien avec un des domaines et sujets enseignés en cours. Le rapport peut être rédigé en Français ou en Anglais. L’étudiant sera jugé sur sa capacité à comprendre le contenu scientifique d’un travail de recherche original publié en anglais.

•  La longueur du rapport est limitée à 3 pages (police Arial 12, simple interligne, marges de 2,5 cm). Tous les rapports auront un format standard.

•  Le rapport comprendra une brève description de l’article publié (un article sélectionné comme étant important dans une revue scientifique de facteur d’impact supérieur à 7).

• Le rapport doit comprendre :

  – Le titre et la référence de l’article scientifique sélectionné.

  – Une introduction au thème étudié.

  – Une brève description des méthodes utilisées.

  – Un résumé des résultats les plus importants.

  – Une brève discussion des conclusions de l’article et leurs implications possibles dans le traitement des maladies.

• Une évaluation finale sous la forme de QROC portant sur l’ensemble du programme

•  L’évaluation de l’étudiant portera ainsi sur 40% travail personnel (rapport), 60% QROC et pourra être modulée par une appréciation portant sur la participation de l’étudiant aux séances interactives.

Travail personnel recommandé : Il est très fortement recommandé de lire régulièrement les articles complémentaires au cours mis en ligne sur Moodle.

Responsable

Faculté de Chirurgie Dentaire

8 RUE ST ELISABETH

67000 STRASBOURG

TEL/ 0368853919

AGNES BLOCH-ZUPAN agnes.bloch-zupan@unistra.fr

KAREN NIEDERREITHER

niederreither@unistra.fr

Obligatoire / filière TSX